Origine des collections
Lorsqu'en 1861 Napoléon III, le fils d'Hortense, rachète le domaine à la reine d'Espagne, il trouve une demeure vide. Sa première préoccupation est de reconstituer la chambre de l'Impératrice à partir de documents authentiques, puis il fait restaurer et remeubler les appartements du rez-de-chaussée avec l'aide du garde-meuble de la Couronne. Une exposition rétrospective est organisée pour laquelle sont faits les derniers aménagements et qui permet d'exposer des tableaux, des bustes, des souvenirs de Sainte-Hélène prêtés par des collectionneurs privés.
En 1870, Malmaison qui relève alors du Domaine de la Couronne, revient à l'Etat, mais des troupes y sont installées dès la fin de la guerre. En 1877 le domaine est vendu. En 1896 Daniel Iffla, dit Osiris, rachète le château qui est mis en vente. Il entreprend alors la restauration de cette demeure ruinée et s'intéresse en particulier à la restitution des décors des appartements. Au premier étage il fait disparaître les cloisons des chambres, trop délabrées, et y crée de vastes salles d'exposition. Il offre le domaine à l'Etat français qui y ouvre un musée en 1906. Sa collection personnelle, entrée par legs dans le nouveau musée, est exposée dans un pavillon qui porte son nom et se trouve à l'entrée du parc.
Le premier fonds du musée est constitué par le mobilier rassemblé par Napoléon III et conservé par le Mobilier National. Par ailleurs, de nombreuses pièces relatives aux deux Empires entrent dans les collections grâce aux donateurs. Devenu musée national en 1927, ses très riches collections du Second Empire sont transférées au château de Compiègne en 1953 où elles forment l'origine du musée du Second Empire, tandis que celles relatives au Premier Empire sont envoyées au château de Fontainebleau en 1984 pour créer le musée Napoléon Ier.
Aujourd'hui, le musée national des châteaux de Malmaison et de Bois-Préau a également sous sa responsabilité les sites de l'île d'Aix et la maison Bonaparte d'Ajaccio, formant un ensemble muséographique napoléonien de première importance. Le programme muséographique est le suivant : à Malmaison est exposé tout ce qui concerne Joséphine et ses enfants Eugène et Hortense, ainsi que Bonaparte général et consul. A Bois-Préau est évoquée la période napoléonienne de 1815 à nos jours. Au château de Compiègne se trouvent les collections du Second Empire, au château de Fontainebleau celles de l'Empire. L'île d'Aix, également musée national, présente une riche collection concernant l'épopée et la légende napoléonienne ainsi que le court séjour de Napoléon avant son départ pour l'exil à Sainte-Hélène. La Maison Bonaparte à Ajaccio est la maison familiale dans laquelle naquit Napoléon le 15 août 1769, et qui fut réaménagée par sa mère Letizia Ramolino après 1797.